"Howa are you?"～微妙なニュアンスを持つ返答～

"How are you?"に対しての代表的な返答は下記が多いと思います。

I'm fine/Fine

I'm okay

I'm well

I'm all right/Alright

I'm good/Good/Great

Pretty good

Not bad

Not too bad

Can't complain

決まり文句的な"How are you?"に対しての返答にはどれを選んでも相手は大して気に留めてないと思います。
あまりそれぞれの持つニュアンスを考えることはないと思いますが強いてニュアンス的な差を言うと、"fine"や"well"は「"ill"の状態ではない」="I'm OK"「特に悪いことはない、大丈夫」というニュアンス。
"good"は「（健康だけではなく）良い状態」「状態・能力に満足している」というニュアンスが感じられます。中には"How are you?"はもともと「How(あなたの具合)」を聞いているものなので"good"は文法的に正しくないと言う英語ネイティブの人もいるようです。とは言え"I'm good"は北アメリカでは"I'm well"よりよく耳にする表現ですし、社交辞令的な"How are you?"は「"ill"なのかどうか」を特に気にして聞いているものではないので"good"で返答することに問題はありません。（英国では「アメリカ英語の響き（又は若い人が使う）」と感じる人もいるそうです。）
"Not bad"、"Not too bad"は言い方によって「まあまあ」～「結構良い」という意味を持ちます。
"Can't complain"は「特に大きな問題はない」="I'm all right"。響きはカジュアルです。

気をつけたい表現

"Not so good"
いつもいつも元気なわけじゃないからと"I'm bad"や"Not so good"のようなネガティブな意味の返答をしたいと思う場合もあるかも知れません。その場合は"Not so good"の理由を伝える必要が出てきます。またあなたが「元気でない理由」を話したいような印象を与えますし、聞いた側としては「どうして」と理由を聞かないと失礼になると感じるかもしれません。（"so-so"についても理由を聞かないと失礼かもしれないという雰囲気が若干あります）。
「元気じゃない」という返答は会話をスタートさせる場合や仲の良い人では問題ありませんが会話目的で聞いたのではない、身の上を聞きたいわけではない人にとっては少し面倒くさく感じる返答かもしれません。
「情報を聞く（交換するため）」目的でない限りは否定的な表現は使わないのが一般的です。

"I'm fine, thank you. And you?"
"I'm fine"は完璧な英語なので使うことに問題は全くありません。しかし後の"thank you. And you?"まで続けて言うと、とっても礼儀正しい響きがあります。丁寧さを必要とする場面で使う分には間違ってはいないのですが普段の生活ではほとんど耳にすることはありません。相手との仲にもよりますが、ただの挨拶なら"Good"や"I'm just fine"、必要に応じて"how about you?"や"thanks"と付け加える程度の方がフレンドリーな印象を受けます。